தேவர்கள், தங்களைத் தொந்தரவு செய்த, சூரபத்மனை அழிக்கும்படி சிவபெருமானிடம் முறையிட்டனர். அவர்களது வேண்டுதலை ஏற்ற சிவன், தன் நெற்றிக்கண்ணில் இருந்து ஆறு பொறிகளை உண்டாக்கினார். அதிலிருந்து முருகப்பெருமான் தோன்றினார். பின், சிவபெருமானின் கட்டளையை ஏற்று, சூரபத்மனை அழிக்க இங்கு வந்தார். இவ்வேளையில் முருகப்பெருமானின் தரிசனம் வேண்டி, தேவர்களின் குருவான வியாழபகவான் இத்தலத்தில் தவமிருந்தார். அவருக்குக் காட்சி தந்த முருகப்பெருமான், இவ்விடத்தில் தங்கினார். அவர் மூலமாக அசுரர்களின் வரலாறையும் தெரிந்து கொண்டார். அப்போது தனது படைத்தளபதியான வீரபாகுவை, சூரபத்மனிடம் தூது அனுப்பினார். அவன் கேட்கவில்லை. பின்பு, முருகன் தன் படைகளுடன் சென்று, அவனை வதம் செய்தார். வியாழ பகவான், முருகனிடம் தனக்குக் காட்சி தந்த இவ்விடத்தில் எழுந்தருளும்படி வேண்டிக்கொண்டார். அதன்படியே முருகனும் இங்கே தங்கினார். பின்பு, வியாழபகவான் விஸ்வகர்மாவை அழைத்து, இங்குக் கோயில் எழுப்பினார். முருகன், சூரனை வெற்றி பெற்று ஆட்கொண்டதால் இவர், "செயந்திநாதர்' என அழைக்கப்பெற்றார். பிற்காலத்தில் இப்பெயரே "செந்தில்நாதர்' என மருவியது. தலமும் "திருஜெயந்திபுரம்' (ஜெயந்தி - வெற்றி) என அழைக்கப்பெற்று, "திருச்செந்தூர்' என மருவியது.
முருகப்பெருமானின் ஆறுபடைவீடுகளில் இரண்டாம் படை வீடாக திகழும் திருச்செந்தூரில் அமைந்துள்ள சுப்ரமணிய சுவாமி திருக்கோயில் ஒரு கடற்கரை கோயிலாக அமைந்துள்ளது. முருகப்பெருமானின் படை வீடு அனைத்தும் மலைகளில் அமைந்திருக்க இத்திருத்தலம் வங்காள விரிகுடா அருகில் அமைந்துள்ளது தனிச்சிறப்பு ஆகும். மேலும் இத்திருக்கோயில் ஆதிகாலங்களில் இருந்து சந்தனமலையின் ஒரு பகுதியாக அமைந்திருக்கிறது. இத்திருத்தலம் இந்து மதத்தினரால் புனிதமாக கருதப்பட்டு வணங்கப்படும் சிறந்த தலத்தில் ஒன்றாகும். இத்திருக்கோயில் தென்னிந்திய தீபகற்பத்தின் தென் மேற்கில் அமைந்துள்ளது. தமிழனின் பண்டைய நூல்களில் குறிப்பிடுவது போல் இத்திருக்கோயில் சுமார் 2000 ஆண்டுகளுக்கு மேலான கட்டமைப்பு உடையதாக கருதப்படுகிறது. பக்தி இலக்கியத்திலும் முருகப்பெருமானின் வழிபாடு சங்ககாலத்தில் விவரமாக திருமுருகாற்றுப்படையில், இத்திருத்தலம் அதிகமாக குறிப்பிடப்படுகிறது. ஆறு படை வீடுகளில் திருச்செந்தூர் முக்கியத்துவம் வாய்ந்த இரண்டாவது இடத்தை பெற்றுள்ளது. இந்த கோயிலில் கடலோரத்தில் அமைந்திருக்கும் அதே சமயம் முருகப்பெருமானின் மற்ற கோயில்கள் மலை உச்சிகளை போன்ற உயரமான இடங்களில் அமைந்துள்ளன. பாண்டியரும் சேரரும் அவரது ஆட்சியாளர்களும், பக்தி கொண்டவர்களும் இத்திருக்கோயிலை மேம்படுத்தினர். மகராஜா மார்த்தாண்ட வர்மா நான்கு நூற்றாண்டுகளுக்கு முன்பு முதன் முதலாக ஒவ்வொரு நாள் காலையிலும் உதயமார்தாண்ட கட்டளையை வழங்கினார். மற்றவர்கள் அன்றைய ஒன்பது கால ஆராதனைகளை பின்பற்றினர். காலப்போக்கில் கடல் மற்றும் அதன் உப்பு நிறைந்த காற்றின் விளைவாக அசல் கட்டுமானத்தில் முதலில் பயன்படுத்தப்பட்ட தாழ்வான மணல் கற்கள் சரிய தொடங்கியது. அப்போது ஒரு உன்னத சாது மௌன சுவாமி கற்கள் சிதைந்த நிலையில் இருப்பதை கண்டார். அவர் உடனடியாக புனரமைப்பு மேற்கொண்டார் . மேலும் மூவர் காசி சுவாமிகள், ஆறுமுக சுவாமிகள், தேசிக மூர்த்தி சுவாமிகள் அவரை பின்தொடர்ந்தனர். 72 ஆண்டுகள் திருப்பணி தொடர்ந்து மூன்று பிரகாரங்களை கொண்ட வெள்ளை மணல் - கல் கட்டமைப்பின் ஒவ்வொரு பகுதியும் அகற்றி அழியாத கருங்கற்களால் புதிதாக மீண்டும் கட்டப்பட்டது. திருப்பணியின்போது சாதுக்கள் வறுமையில் வாடிய போதிலும் கூட எல்லா நேரங்களிலும் நிலைத்து நிற்கும் முருகன் கோவிலை கட்டினர். மேலும் அனைத்து சன்னதிகளும் புதிதாக கட்டப்பட்டது. திருப்பணி நிறைவு செய்யப்பட்டு 1941-இல் குடமுழுக்கு நடைபெற்றது. ஒன்பது தளங்களை கொண்ட கோபுரம் மணல் ,கல், பாறையின் முனையில் கட்டப்பட்ட ஒரு நிலையான அடையாளம் ஆகும். இத்திருக்கோயில் கடலில் இருந்து பார்த்தால் சுமார் 12 மைல்களுக்கு சுற்றளவு தெரியும் அளவுக்கு அமைந்துள்ளது. கோயில் முழுவதுமே கடலில் பாய் மரம் மிதந்து செல்வது போல் காட்சி அளிக்கிறது.